统一六国后，商鞅变法时极力反对的各方面的学派、人才都纷纷来到秦国服务，可能秦始皇采用了“秦国特色的商鞅变法”，造成秦帝国各种迷信盛行，其中黄老道家、阴阳家，他们综合儒、法、道诸家的学说，提出所谓“五德终始说”，尤其得到秦始皇的信任，秦始皇于是认为秦是水德，周是火德，水能克火，因此秦得天下，从齐燕来的儒生方士们把儒家的“封禅”也作了改头换面的修改，盛传自古帝王莫不举行封禅典礼。
同时他们又说海上有蓬莱、方丈、瀛洲三岛，是神仙居住的地方，有“不死之药”，服后便可“长生不老”，秦始皇听了都很动心，幻想成为“长生不老”的神仙，二十八年，齐人徐福等上书海上仙境之事，秦始皇于是派他征发童男女数千人入海求仙人。
秦始皇于二十八年至三十一年（前219～前215）连续到东方沿海，江淮流域以及北边等地巡游，所到之处，无不刻石颂其功德。
三十二年秦始皇又使燕人卢生求羡门、高誓等仙人踪迹，后来又使韩佟、侯公、石生求仙人不死之药，对于秦始皇这种行为，也有儒生表示劝谏的，博士齐人淳于越建议秦始皇仍实行分封自己的子弟为诸侯的政策，秦始皇交给臣下讨论，丞相李斯反对。
李斯的奏议促成了秦始皇帝下令焚书禁书，规定史书非秦纪皆烧之;非博士官所职，天下敢有藏《诗》、《书》、百家《论》者，悉诣守、尉杂烧之;有敢偶语《诗》、《书》者，弃市。
以古非今者，族;吏见知不举者与同罪;令下三十日不烧，黥为城旦;准保存者，医药卜筮种树之书;若愿学法令，则以吏为师。
这时，徐福入海求仙，费以巨万计，终不得药，始皇心里已感到受骗，于是命令御史案问诸生，互相揭发牵连四百六十余人，始皇下令把他们都在咸阳活埋，这就是著名的“坑儒”。
某些人认为《史记》记载秦始皇坑杀的乃是术士，并不是儒生，但根据《史记・秦始皇本纪》记载秦始皇坑杀的人“皆诵法孔子”。
统一之后过七年之后，秦始皇开始在渭河南岸修建后世皆知的阿房宫（亦名朝宫，阿房为其前殿名），每年动用民工七十多万人，而当时全国总人口不过2000万。
阿房宫可以容纳十万人，在里面运送酒菜要用车和马才行，仅一个前殿的面积就达到了东西长693米，南北宽116米，台基高达11.65米，上面可以坐上万人。
但由中国社会科学院考古研究所和西安市文物保护考古所联合组成的阿房宫考古队，对阿房宫遗址进行的考古工作发现，阿房宫本来就没有建成，秦朝此宫殿仅完成地基而已。