赤壁之战后，曹操的南下势头被打得粉碎，此后便在北方休养生息，经此一役，周瑜的风头一时无两，很多人甚至觉得周瑜的威信要在主公孙权之上。
在赤壁之后，周瑜的名声如日中天，在江东甚至隐隐然有凌驾于孙权之上的势头。
曹操在退兵之后曾经给孙权写信，说：“赤壁之战，只不过是因为我军流行疾病，我自己烧掉战船撤退，却让周瑜小儿获得战胜的虚名。”曹操郑重表示：我曹某人对赤壁退兵并不感到羞耻!曹操写这封信用心大大的坏，一是告诉孙权，现在天下人都把赤壁之战胜利的功劳算在周瑜的头上，这是不符合事实的，二是说，天下人现在都认为保全江东，让你孙权能够继续偏安当老大的就是周瑜。你孙权是靠别人罩着才能坐江山的。曹操的话有真有假，说自己只是烧船撤退，就有点给自己脸上贴金了。当然，曹军瘟疫流行，导致战斗力下降那应该不假。
可以想象，年轻的孙权，看到这封信，心中当然会很不爽。可曹操还好，刘备就更直接，更狠毒。有一次，孙权和刘备单独聊天，刘备就感叹：“周公瑾这个人啊，那绝对不是一般人啊。文韬武略，是万中无一的人尖子。我看他气度恢宏，志向远大，恐怕不会甘心长久做一个臣子啊。”当时刘备和孙权是盟友，更是亲戚，孙权把自己的妹妹嫁给了刘备，两郎舅在一起说私房话。刘备此人是公认的枭雄，貌似厚道却极有权谋，这番谗言，完全一副为孙权考虑的样子。其实，当时的刘备刚刚拥有荆州，立足未稳，如果孙权、周瑜君臣之间内斗的话，刘备就可以趁机巩固地盘了。
曹操和刘备为了各自的利益，挑拨孙权和周瑜的关系。孙权虽然年轻，却也了得，当然不会轻易中招，周瑜依然是江东的军事统帅，直到去世。那周瑜有没有自己的小算盘，甚至像刘备所说的，可能废掉孙权，在江东自立呢?
周瑜应该说没有，至少是没有明显表露出来。
周瑜的功劳很大，大到可以在江东自立。当年，孙策带领两三千人马来抢夺江东，人丹利伯，周瑜从自己叔父丹阳太守周尚处借的几千兵马，帮助孙策平定江东，有孙策的勇猛和周瑜的谋略，孙策节节胜利。在建立江东政权时，周瑜是当之无愧的功勋第一。看后来，孙策和周瑜分娶桥公二女，既是两人情谊的表现，更是孙策对周瑜功绩的认可。
当曹操大军压境时，江东名臣张昭、张纮等人一致认为，投降才是唯一之道，唯独周瑜和鲁肃主战。鲁肃在后堂告诉孙权，像鲁肃他们投降的话以后一样可以当个太守什么的，孙权要投降的话可就死路一条。周瑜在朝堂上，告诉群臣，曹操并不可怕，东吴可以胜利。鲁肃告诉孙权不能投降，周瑜告诉孙权可以一战。并且，周瑜在鲁肃、刘备等人的协助下，就真的击退了曹操，保住了江东。
可以说，建立江东，保全江东，周瑜都是第一人。即便是孙权自己，在多年之后称帝时也感叹：“没有周公瑾的话，我是不可能称帝的啦。”孙权说的是一句良心话。
并且，最重要的一点是孙权在即位之初，地位相当不稳。在当时，孙权的职位不过是将军，其他的文臣武将和孙权之间只是上下级关系，周瑜作为全军二把手率先对年少的孙权执臣子拜见君主的礼节，从而稳定军心，使得孙权能够正常即位。
为了让周瑜辅佐孙权，不生二心。孙策做了一个安排，孙策交代孙权：“行政方面的事情不了解的话问张昭，对外用兵的话有问题问周瑜。”孙策对周瑜很信任，这份信任也加重了周瑜对孙权的忠诚，以报答孙策对自己的知遇之恩。当曹操来临，江东是战是降难以决断的时候，江东的吴太夫人发话了：“周公瑾说的挺好，公瑾和你哥哥伯符(孙策)同岁，只是小一个月，我是一直把他看成自己儿子的，希望你要用兄长的礼节对待他啊。”吴太夫人的话，肯定让周瑜心里暖暖的。