按照常理，既然刘巴当初选择了离开自己，并且阻止过刘备入川，刘备自然该快意恩仇，杀掉刘巴。可是刘备没有。刘备入川之后，为了他的大业，继续违背自己本心的展现他仁德之君的宽容大度。
收复荆州南部三郡任务失败之后，刘巴远走交趾避祸，之后又逃到了云南，差点被杀，漂泊流离终于来到了益州。当初，刘璋的父亲曾经得到刘巴父亲的举荐，刘璋看到刘巴来投非常高兴。刘巴本来是想借道回到曹操身边，可是看到刘璋也有心归附曹操，于是就留下来做刘璋的工作。如果能够成功的说服刘璋，那也算是失之东隅收之桑榆，完成了当初接收荆州的使命。可没想到刘璋派遣张松前往许都，张松因为自己受到冷落而选择了归顺刘备，帮助刘备夺取益州。在张松、法正等人的劝说下，刘璋邀请刘备前来帮助平定张鲁。当时，刘巴曾经明确的表示反对，他说：刘备，雄人也。入必为害，不可内也。刘巴料定刘备进入川中，必然夺取刘璋的地盘。
刘巴对刘备这个伪君子看得很透彻，刘备正是打着帮助同为汉室宗亲的刘璋，平定张鲁的旗帜进入川中，然后夺得益州的。
刘备平定益州之后，对如何对待刘巴，很费了一番脑筋。
按照常理，既然刘巴当初选择了离开自己，并且阻止过刘备入川，刘备自然该快意恩仇，杀掉刘巴。可是刘备没有。刘备入川之后，为了他的大业，继续违背自己本心的展现他仁德之君的宽容大度。刘备厚待参与政变的法正，后代中立派董和，优待临到成都即将溃败翻墙来归的老臣许靖，但是这些还不足以让益州官员躁动的心平定下来。刘备此人，处处学习高祖刘邦，刘邦曾经先封赏自己的仇人，而刘备也选择了优待刘巴。
刘备先让在益州城中地位仅次于自己的心腹张飞前去拜访刘巴，表达自己的善意。张飞到了刘巴家里一整天，刘巴都不和张飞说一句话。张飞很郁闷，甚至主动申请晚上留下来和刘巴一起睡觉，联床夜话增进感情，可又遭到刘巴的拒绝。之后，当年的故友诸葛亮写信给刘巴，劝说刘巴也要顾及一点张大将军的脸面，刘巴傲然说：大丈夫处世，当交四海英雄，如何与兵子共语乎？刘巴对军人出身的张飞，不屑一顾。
可是，得罪了张飞就等于得罪了刘备，刘备生气的说：孤欲定天下，而子初专乱之。其欲还北，假道於此，岂欲成孤事邪？刘备刚入益州，稳定为上，可是刘巴却故意捣乱，破坏和谐的大好氛围，让刘备很没有面子。但是，后来刘备又觉得自己说话太硬了，刘巴肯定不吃这一套，于是刘备转而软语安慰，说：你刘巴啊，除了在我刘备的手上，谁会重用你这个聪明人呢？刘巴很厉害，就算是诸葛亮也曾经表示：运筹策於帷幄之中，吾不如子初远矣！于是，在刘备一手威吓，一手软求的双重压力下，刘巴只能选择了从众，归顺了刘备。
在刘备攻打成都的时候，曾经向官兵们表示，一旦攻入成都，财宝随便抢，可等到进入益州之后，物价飞涨，经济几乎要崩溃。刘备自然不能收回成命，那样就是打自己嘴巴了。还是刘巴提了个建议，刘巴建议铸造新钱，可以以一当百，自然可以平抑物价。推行之后，益州的经济果然迅速稳定下来。刘巴在刘备身边官运还不错，先是担任尚书，等到法正死去之后又接任为尚书令，成为蜀汉中央高级官员，在刘备称帝前后的几乎所有文告、诏令，都是出自刘巴的手笔。
可是，刘巴知道，刘备并非是真正信任自己，虽然自己有才，可是从来没有当自己是心腹。于是刘巴小心翼翼的过着自己的小日子，除了朝廷的公事，从来不和蜀汉官场的其他人来往，除了一些一定要表态的公事，刘巴也从来不随便评论是非，夹着尾巴做人。于是，刘备拥有了爱才的美名，刘巴也得以苟全性命。