光绪、慈禧死后，社会上关于袁世凯弑君之说喧嚣。有一京报说光绪死时留五百字的遗言要杀袁世凯。佐藤铁治郎说：奈其后谣言纷起，君臣之间势难融洽。为此载沣开始解决袁世凯去留问题。几天后，庆王府告之将对袁不利的消息，袁惶惶然如丧家之犬，无计可施。时大有草木皆兵之势。袁世凯是个如假包换的军人，在袁之前，中国其实没有真正的职业军人。几千年来都是秀才带兵打仗，明清的总督不单是地方政府行政首脑，还兼任军区司令，公检法一肩挑。
和日本打甲午战争，人家天皇在广岛大本营里与参谋部策划于密室，制订了详细的作战方案。据说连被中国人打败后，逃到西伯利亚的退路都设计好了。中国人却只顾满足于口水抗日，让那些爱国诗人写些慷慨激昂的对仗诗句，讽刺挖苦日本人。认真的军事准备却一样没有，结果可想而知。袁世凯没进过军校，但是业余爱好兵事。据说做政府部门文员时，人家吟诗作画，吟风弄月，他却一个人在那里意帘家那些个事儿。同事们笑他，他却死不悔改。练兵，练新式军队，这在袁世凯去小站前已经有几人干过了。袁世凯不是第一个，却是最成功的一个。袁世凯是在1895年接下不大熟谙军事的文官胡钡牧繁摊子，来到小站的。
小站在天津咸水沽南约10公里。甲午战争之后，袁世凯奉旨在此督练新建陆军。刚干了一年，1896年4月，监察御史胡景桂参奏袁世凯嗜杀擅权、克扣军饷，诛戮无辜，以及用人论情面大小食鬼遗多寡等多条罪状。袁得到被参劾的消息，感到十分懊恼：两旬来心神恍惚，志气昏惰，所有夙志，竟至一冷如冰。军事实无心详述。不久兵部尚书荣禄邀其幕僚陈夔龙随行，奉命前往查办。亲历此事的陈夔龙在《梦蕉亭杂记》称：该军仅七千人，勇丁身量一律四尺以上，整肃精壮，专练德国操。马队五营，各按方辨色，较之淮、练各营，壁垒一新。文忠（指荣禄）默识之。谓余曰：君观新军与旧军比较何如？余谓：素不知兵，何敢妄参末议，但观表面，旧军诚不免暮气，新军参用西法，生面独开。文忠曰：君言是也。此人必须保全，以策后效。荣禄回京后指令陈起草覆奏稿。陈建议拟请下部议。荣说：一经部议，至轻亦应撤差，此军甫经成立，难易生手，不如乞恩，姑从宽议，仍严饬认真操练，以励将来。
就这样，为袁军军容所动的荣禄以所参各节查明均无实据，应请勿庸置议，将袁世凯的各控罪一笔抹掉，而且吹捧袁说：查该道员血性耐劳，勇于任事……于将领中间为不可多得之员。由于荣禄的庇护，袁不仅没有被问罪，反而受到清廷的慰勉。这对袁世凯来说是多大的恩情啊！后来谭嗣同要袁世凯杀荣禄，这是他们不了解荣袁之间的这段生死之交。何况，袁一直标榜自己是新派人物中的稳健派，有意和康有为保持一段距离呢！荣禄没看错人，袁的确是练兵的里手。袁练兵有理论：治军之道，首重训兵，其次练兵，训以开其智识，固其心性;练以增其技艺，增其材力。一次闲谈，张之洞问袁世凯练兵的秘诀，袁世凯说：练兵事看似复杂，其实简单，主要是练成绝对服从命令。我们一手拿着官和钱，一手拿着刀，服从就有官和钱，不从就吃刀。
袁世凯说得轻巧，练兵没这么容易，君不见蒋百里后来主办保定军官学校，要什么没什么，他这个校长在无可奈何之下，竟至在大操场检阅台上，当众举枪自杀。以上所有各点，都是在就事论事，其实军人袁世凯自己都想不到的是，他开创了一个新时代，谓军人理政。从袁世凯始，职业军人成为主宰中国政治舞台台前幕后的主角。其最响亮的口号是：枪杆子里面出政权！这等于间接否定了统治中国几千年的儒家文官体系。费正清对此有专门论述：当时中国社会结构的变化，在于原有的儒生—农民—手艺人—商人范围之外，军人有了新的社会地位;军官学校出身的军官，取得了过去只给儒生保留的一些特权。
《三大纪律八项注意》的前世今缘
据报道，1973年12月12日，毛泽东主持中央政治局会议，宣布八大军区司令员对调。会上，毛泽东建议与会者共同演唱《三大纪律八项注意》，并由他来亲自领唱。可让毛泽东没有想到的是，他自己领唱的歌曲，却最早来自于袁世凯。据刘华清将军回忆：这曲子最早是他们从鄂豫皖苏区的民歌《土地革命完成了》改编而来，但该民歌的曲调来自于冯玉祥的《练兵歌》;冯玉祥五音不全，不通曲律，这《练兵歌》的曲调是照搬张作霖的《大帅练兵歌》;张作霖胡子出身，和音乐八竿子打不着，他也是转抄了张之洞的《大帅练兵歌》;张之洞更不是曲作者，这曲调原来是南北秋操时，从北洋袁世凯的《大帅练兵歌》学来的。
这样毛泽东和袁世凯对上了。其实，政治思想工作不是毛泽东首创的。老袁也做。袁世凯的政治思想工作是委托新建陆军参谋营务处总办徐世昌做的。这徐世昌就是后来部队政委和美军随军牧师的鼻祖，文宣工作是他的分内事儿。徐翰林果然了得，于诗文书法绘画外，还写得一手好打油诗。经过袁司令的修改和首肯，中国军队最早的政治思想工作歌曲诞生了。
徐政委写好歌词，缺少曲子。没办法，中国文人历来是只填词不作曲的。人家不屑作曲也不会作曲，更没听说有作曲这一行。徐天天听兵营里的德国教官依依呀呀地哼着小调，便多了只耳朵。听着听着，感觉有点儿意思，特别是那种进行曲最让老徐提气。于是老徐做了中国文人中第一个弃《念奴娇》曲牌于不顾的开山祖，选了首普鲁士军歌《德皇威廉练兵曲》的曲调来为他的《大帅练兵歌》填词。这下徐世昌牛大了！他没想到，这首与军区司令袁世凯合作完成的歌曲，不但成了革命和反革命军歌的蓝本，还成了我们激情燃烧的岁月里最让人记住的两首歌曲曲调之一。（另外一首是《国际歌》）而且在1984年洛杉矶奥运会的开幕式上，袁世凯、徐世昌带入中国的这首普鲁士风格的曲调，被东道主美国的吹鼓手们演奏成为中国体育代表团进场的行进曲！更不可思议的是，当中华台北队入场时，伴奏的乐曲却还是这首歌的曲调。
袁卷入了后慈禧时代的权力斗争
1908年11月14日，光绪帝载因病在北京瀛台涵元殿逝世，享年38岁。仅仅一天之后，慈禧太后也因病去世。与此同时，以袁世凯为首的篡国夺权集团加快了他们反清阴谋活动的步伐。霹雳一身震天响，1909年1月2日，英明的摄政王载沣一举粉碎了袁氏反国集团。从随后朝廷发布的诏书中得知，袁世凯背着清朝中央政府和美帝国主义密谋什么互派大使的勾当。
为了体现朝廷的给出路政策，清廷根据其现患足疾，步履维艰，难胜职任，将袁世凯永远开缺回籍。袁世凯夹着尾巴灰溜溜地离开首都北京，溜回了他的河南老家。似曾相识的历史告诉我们一个道理：从古到今，不管用什么话语，都掩盖不了一个事实，那就是——伴随一个大人物的消失，一定会有一次剧烈的变动，我们称之为能量释放。就如同地震是地下能量长期积累的瞬间释放一样。这两个月来朝廷很吊诡。要么不死，一死就是成双成对。成双就成双，双双死去的却是一对政治上的死对头。更加蹊跷的是两人的死，中间只隔了20小时。（光绪前一天傍晚，慈禧后一天午后1点。）
最不敢相信的是慈禧临死前还从死对头的亲弟弟家中又找了个接班人。难道慈禧老糊涂了，不知道弟弟会为哥哥报仇，不知道亲弟弟会调查她毒死哥哥的事儿？除非谋杀一说子虚乌有，否则就是慈禧老糊涂了，杀了人家的哥哥还让人家弟弟当道。为什么慈禧找载沣当这个摄政王？载沣的弟弟载涛另有一说：慈禧太后执掌政权数十年，所见过的各种人才那么多，难道说载沣不堪大任，她不明白吗？我想决不是。她之所以属意载沣，是因为她观察皇族近支之人，只有载沣好驾驭，肯听话……慈禧太后到了自知不起的时候，光绪帝虽先死去，她仍然贪立幼君，以免翻她从前的旧案。谋杀一说在当时就很喧嚣，以至于引起大洋彼岸《纽约时报》的掺和。1908年11月17日，慈禧死后2天，该报发表评论：没有证据显示是谋杀。
怀疑皇帝和太后死于谋杀的谣言四起，尽管如此，至今没有充分的证据显示他们是非正常死亡的。皇帝已经被病痛折磨了很长时间，在他的后半生一直处于身体虚弱的状态。慈禧太后多年以来肩负着治理国家的重任，在最近的几个月中她的健康每况愈下。11月3日太后的生日庆典过后，她的肺充血引起了高烧。负责诊治皇帝和太后的医生们表示，这两个人的身体都遭到了极端天气的侵害，尽管如此他们仍然认为用现代的医药进行治疗会取得一定的效果。慈禧太后在死前颁布诏书追封自己为伟大的皇太后，并且指定光绪的皇后叶赫那拉氏成为新太后，由溥仪继承光绪的皇位。关于有人谋杀光绪帝，康有为最起劲，在东南亚的槟榔屿，他会见记者，说证明前皇帝的死与袁世凯有关。
《纽约时报》槟榔屿，1月8日——今天在一次访谈中，1898年变法失败后被从北京驱逐的著名中国改革家康有为宣布袁世凯已经被结束了高等职位。原因是他在前皇帝的死亡中起了关键的作用，并且袁世凯可能会因为与此事有关联而被审判。全世界都闹得沸沸扬扬，载沣不可能不知道这些指控。如果这些指控针对的是王世凯或李世凯，这只是每天发生在中国大地上的成千个指控之一，本来中国人就不团结，有了利益纠葛更是如此。摄政王载沣会一笑了之。可是这是袁世凯，一个手上掌握着呼风唤雨能力的人啊！朱东安教授的这段话很准：对满洲贵族来说，更为糟糕的是，咸同时期湘淮军虽称盛一时，但湘淮军外尚有八旗、绿营、练军等武装力量。
就湘淮军而言，亦有曾、左、李、刘等诸多派系，相互牵制。而到了北洋军时代，八旗、绿营、湘淮军、练军都已退出历史舞台，新式陆军一统天下。只是新军的编练，虽然遍地开花，风行一时，清政府也打算在全国建立三十六镇新式陆军，但直到武昌起义爆发也没有完成这个编练计划。其初步成军的部队虽有二十几镇，但真正练成者仅直隶六镇七万人左右，湖北一镇一协一万八千人上下。其他各省皆未练成。且北洋军全部德国装备，由德国军官训练，精锐冠绝一时，非他省新军所可比。此时，李鸿章、刘坤一早已去世，张之洞也已年老体衰，致使军界、政坛都一时成为袁世凯一枝独秀的局面。
这样，那拉氏往日对付湘淮将帅的那些法术，也无所施其伎了。瞧，慈禧太后到了晚年也拿袁世凯没辙。这已经成了一个人数只占整个国家总人数1%左右的满清统治集团的一块心病。《载沣罢袁》这出戏很中国：光绪在被囚禁期间，每天在纸上画大头长身的各式鬼形，写上袁世凯三字，然后撕成碎片。又经常画一乌龟，龟背写有袁世凯三个字，然后贴在墙上用小竹弓射击，射烂之后还不解气，还要再取下来剪碎，令片片作蝴蝶飞。更玄乎的是，还有人说光绪临死一言不发，唯用手在空中写了斩袁两字。光绪在临终之前一天，嘱托亲弟弟载沣一定要诛杀袁世凯，为自己报仇雪恨。