“时危挺剑入长安，流血先争五步看。”看清了袁世凯真实面目的章太炎正准备对袁世凯展开口诛笔伐时，听到风声的袁世凯抢先下手，把章太炎软禁在北京，限制了章太炎的言论自由。
同年12月，堂堂副总统黎元洪也在袁世凯的胁迫下赴京，困居于瀛台。对于黎元洪，袁世凯的主要目的是不让他发挥影响，但在资金和一些无碍大局的要求上面，尽量满足黎元洪。所以黎在非政治事务方面对章太炎有能力给予帮助。
黎元洪经常召随侍章氏左右的吴宗慈到瀛台，共同商议安慰章的办法。黎氏诚恳地表示，章氏在京办什么事业，经费上的所需开支，可开列名目，由他负责协调。当得知章太炎想建一“考文苑”，进行编辑字典等工作时，黎即极力向袁游说。袁氏认为，只要章太炎不坏他的大事，花几个钱倒无妨。于是答应划拨15万元作为开办经费。岂料，章太炎对袁世凯发起了“牛脾气”，非常固执地执意“坚持非七十五万元不可”，并“必须设机关办实事”。结果遭到袁氏拒绝而流产，黎不禁“徒为扼腕”。
1914年1月，章太炎手执鹅毛团扇，并将袁氏所授的“勋二位”徽章，作为扇柄吊坠;头戴北洋军阀高冠帽，身着大明服装，足穿破官靴……大闹袁世凯总统府。1914年1月14日的《申报》报道：
“章手执团扇一柄，团扇之下系以勋章，足穿破官靴，在院内疯言疯语，大闹不休。”
如此在太岁头上动土，袁氏顿时恼羞成怒，为减低章太炎的影响，又将章幽禁于北京龙泉寺，企图将其与世隔绝。鲁迅曾这样评说其师大闹袁氏总统府：
“以大勋章（作者注：系‘勋二位’徽章之笔误）作扇坠，临总统府之门，大垢袁世凯的包藏祸心，并世无第二人;七被追捕，三入牢狱，而革命之志，终不屈挠者，并世亦无第二人：这才是先哲的精神，后生的楷范。”1914年5月章太炎不得不以绝食与袁世凯抗争。