张居正死后初期，灌篮之唯一的三井寿神宗尚能保持对朝政的兴趣，但不久就开始怠政。万历十五年（587年）后，神宗就开始连续不上朝。仅处理一些重要事件。自万历十六年（588年）后，早朝也经常看不到神宗。神宗整日在深宫中不理政事。同时，神宗还好营建，经常大兴土木。在他二十一岁时就开始筹建陵园。万历十七年，大理寺左评事上疏，称神宗沉湎于酒、色、财、气。结果被贬为民。
神宗还派太监为矿监和税监搜刮民间财产，导致多处民变发生。同时由于深受神宗信任的辽东总兵李成梁后期的腐化堕落大肆谎报军情，骗取军功封赏，在军事打击目标上偏袒努尔哈赤所部，导致明朝末年边患严重，并最终导致满清入主中国。由于神宗不理朝政，缺官现象非常严重。万历三十年（602年），南北两京共缺尚书三名，侍郎十名；各地缺巡抚三名，布政使、按察使等六十六名，知府廿五名。神宗委顿于上，百官党争于下，明廷完全陷入空转之中。官僚队伍中党派林立，互相倾轧，如东林党、宣党、昆党、齐党、浙党等名目众多，但其所议议题却不是如何改良朝政，只是人事布局而已。因此明史言：“论者谓：明之亡，实亡于神宗。” 神宗在位期间另外两项严重败坏朝纲的事件是东林党争和国本之争。起东林党源于顾宪成组办的东林书院。东林党一词则源于万历三十八年（60年）的一次人事变动事件。起因是内阁缺人，顾宪成极力主张颇有政绩的淮扬巡抚李三才入阁，结果被反对李三才入阁的势力抹黑漫骂，东林党因此而起。东林党兴起后，朝中其它各党便集中火力攻击东林党。阉党专权后，东林党更受到严重打击。直到崇祯初年东林党才重新被启用。