帝甚伤悼不已，谥为文德，葬于昭陵。帝亲为文，刻石碑，称皇后节俭，遗言薄葬，不藏金玉，当使后子孙奉以为法。帝每思后，辄至流涕，乃就苑中造一台观，高十余丈，极其美丽。
帝每自登临，以望昭陵。
一日，帝引魏征同登，帝曰：“对面一望之地，高大而华美者，陵也，汝曾见否？”时征年已七十有二，知帝意在昭陵，乃举目熟视，佯作不见之状，对曰：“臣今昏聩，不能见矣。”帝用手指示之曰：“已在目前，何无见乎？”微曰：“臣以为陛下望献陵，其远难望；若是昭陵则臣已见之久矣。”帝为之泣下，因有惭色，即使人折毁台观，以示不用。后人有诗云：西苑建台十数层，太宗曾此望昭陵。
只因毁观旌忠直，留与后人说魏征。
后只生一子，名曰承干，立为太子。少有躭疾，喜声色及畋猎之事，所为奢靡。每恐帝知之。而魏王泰者，太子之弟，韦妃所生也。多才能，有宠于帝，见皇后已崩，潜有夺嫡之志，折节下士，以求声誉。帝时命章挺与杜楚客二人共摄魏府之事，为泰腹心，乃密结朋党，以谋大事。太子知觉，恐其相逼，阴养刺客纥干、承基等，及壮士百余人，谋杀魏王。正值吏部尚书侯君集怨望朝廷，见太子暗劣，欲乘衅图之，因劝太子谋反。
太子欣然从之，遂将金宝厚赂中郎将李安俨，使为内应，邀同洋州刺史赵节、驸马都尉杜荷数人，取酒歃血，割臂为誓。
杜荷曰：“天时有变，事当速行。”赵节曰：“当先用何计？”荷曰：“只称殿下偶沾恶疾，十分危笃，主上必亲临府内看视。先埋伏武士于两傍幕下，一拥而出，大事定矣。”数人商议，犹豫不决。
正值齐王佑事连承基，系狱当死，及告太子谋反，帝乃命中书门下参鞠之，反形已具。帝面责承干，承干曰：“臣既为太子，大事已定，复何所求，但为泰所图，时与朝臣谋为自安之术，有等不逞之人，遂教臣为不轨耳。若使泰为太子，正落其度内也。”帝谓侍臣曰：“此子犯法，将何以处之？”众皆默然。通事舍人来济进曰：“父子之道，天性也。陛下不失为慈父，使太子得尽天年，则善矣。”帝乃废承干为庶人，囚于狱中。帝令擒侯君集、李安俨、杜荷、赵节四人至，帝曰：“汝四人曾与太子商议，不知何事？”杜荷对曰：“无非只是侍奉殿下，讲论政事得失而已。”帝曰：“四人曾教太子反来，何敢抵讳？”侯君集曰：“太子谋反，皆自所为，非臣等所使，臣等皆谏不听。”帝曰：“今日自为，尚犹可恕，若待事败，其实难容。”君集曰：“并无此事。”叱左右监下。
次日，帝欲决四人极刑，见君集功臣，独有留恋之意，谓侍臣曰：“君集有功，欲乞其生，可乎？”群臣曰：“王法乃国家典刑，不可容情。”帝乃泣谓君集曰：“与君长诀矣！汝之妻子，朕免其死，汝勿牵挂。速正军法。”四人皆斩之。是日，帝遂废承干为庶人。
太宗尝使李靖教君集兵法，君集言于太宗曰：“靖将反矣。”太宗问其故，对曰：“靖独教臣以其粗，而匿其精，以是知之。”太宗以问靖，对曰：“此乃君集欲反耳。今诸夏已定，臣之所教足以制四夷，而君集固求尽臣之术，非反而何？”至是果然。
承干既得罪，魏王泰每日入朝侍奉。帝面许立为太子，岑文本、刘洎二人亦劝帝立之，惟长孙无忌固请立晋王治。帝曰：“朕作梦一青雀投怀，自言：‘臣今日始得为陛下子，臣有一子，臣死之日，当为陛下杀之，传位晋王’。觉来朕甚怜之。”褚遂良进曰：“陛下失言矣。此国家大事，存亡所系，愿熟思之。且陛下万岁后，魏王据天下之重，肯杀其亲爱之子以授晋王哉？陛下前者以嫡庶之分不明，致此纷纭，今必欲立魏王，愿先措置晋王，始得安全耳。”帝流涕曰：“此事朕诚不能为也！”遂拂袖而起，入于宫内。
时魏王泰恐帝立晋王，乃谓晋王曰：“汝昔与元昌亦谋篡位，得无忧乎？”晋王闻言不答，忧形于色。次日，帝御两仪殿，怪而问之，晋王以实告，帝怃然始悔立魏王恭之语。是日朝散，群臣皆出，独留长孙无忌、李世绩、褚遂良，谓曰：“汝三人为朕腹心，有事犹豫，盖与决之。”无忌叩头曰：“陛下圣鉴不错，臣等安敢乱言。”帝曰：“朕三子一弟，所为如是，我心诚无聊赖，如此奈何？”帝言讫，遂自投于床下。无忌等急向前抱住曰：“陛下善保龙体，何如此噪暴邪！”帝又拔佩刀欲自刺，遂良夺刀以授晋王。无忌请曰：“陛下所欲何如？”帝曰：“朕欲立晋王。”无忌日：“谨奉诏。”帝遂使晋王拜无忌曰：“汝舅已许汝矣。”即御太极殿召众臣商议，帝曰：“承干悖逆，恭亦凶险，诸子之中，谁可立者？”众皆欢呼曰：“晋王仁孝，当立为嗣。”
帝悦，遂立晋王治为皇太子，时年十六。帝曰“我若立恭，则是太子之位可经营而得，自今太子失道，藩王窥伺者当两弃之，传诸子孙，永为后法。且泰立则承干与治皆不能全，治立则承干与泰皆无恙矣。”乃降泰爵东莱郡王，囚于北苑，府僚亲押者，皆迁于岭表。静轩先生有诗赞云：割爱断恩事可疑，长孙谈笑振当时。
太宗自是雄才略，废贬存亡两得宜。
时东宫已立，帝作宴，聚集众臣于太极殿，商议政事。忽然一阵旋风从东北角上起，把殿前柏树吹折。众皆惊疑。帝命太史令李淳风卜之，淳风曰：“此风乃不祥之兆，主折一大臣也。”正饮酒间，忽报太子太师魏征府下其子来见陛下，帝愕然曰：“玄成休矣！”不觉掷杯于地。且看其子来说甚言？