帝欲斩遂良，无忌慌告曰：“陛下暂息天威，听臣一言：遂良受先朝顾命，为国元勋，今日虽当死罪，不可加刑，望陛下权记过，后以功赎之。”于志宁亦再三哀告，帝怒方息，遂良拜谢而退。
是时，众大臣退朝，议论纷纭，嗟叹不已，皆不敢奏。独有中书令来济上表曰：“王者立后，上法乾坤，必择礼教名家，幽闲令淑，副四海之望，称神祗之心。汉成以婢为后，卒使社稷倾沦，惟陛下察之。”帝见奏，拂袖而起，走至宫内。次日，李绩入见，帝曰：“朕欲立武昭仪为后，遂良固执以为不可。
遂良既顾命大臣，事当且已乎！”绩曰：“此陛下家事，何必更问外人。”帝曰：“卿言当理，但朕心犹豫不决。”适值卫尉卿、许敬宗外入，帝以前事告之。敬宗曰：“田舍翁多收十斛麦，尚且欲易其妇，况是天子，立一皇后，何预众人之事而妄生异谓乎？”帝点头大喜曰：“独卿金石之论，正合其理，朕即从之。”乃下诏贬褚遂良为潭州都督。丽泉读史至此，有诗云：蹇蹇王臣既匪躬，直臣真有比乾风。
笏还螭陛心终赤，额叩龙墀血任红。
威凤无情迷国纪，聚麀有语乱宸聪。
圣朝厚赐春秋祀，千古重昭社稷臣。
时永徽五年冬十月朔，文武官寮引仆射于志宁、太史令李淳风等直入内殿见帝。李世绩曰：“伏睹武氏自入宫以来，备全四德，恪守三从，越古超今，虽周之姜原后妃，无以逾此，果有圣仪之表。群臣会议，今日吉辰，伏望陛下宜立为后，上合天心，下顺人意，则陛下祖宗幸甚。”帝听奏，遂令御史大夫崔义玄、中丞袁公瑜草诏，立武氏为后。诏曰：武氏门着勋庸，地华缨黻，往以才行，选入后庭。朕昔在储贰，常得侍从嫔嫱之间，未曾迂目。圣情鉴悉，每垂赏叹，遂以赐朕，事同政君，可为皇后。
是日，李世绩赍丹诏玺绶诸后宫，武昭仪受之。次日，武氏上表谢恩，其略有云：“陛下以妾为宸妃，韩瑗、来济二人面折廷争，乞加褒赏。”帝览罢，即以表示二人。韩瑗等见表大惧，瑗奏曰：“臣不愿在朝，乞骸骨归葬田里。陛下不失为圣主，使臣得尽余年则善矣。”帝曰：“汝勿惊怖，朕无害汝之心。武后见忤，可承颜顺之，自保无事矣。”瑗曰：“全赖陛下天威，臣得沾寸禄，为子孙营计，死亦无憾，愿施犬马之报，虽冒汤赴火，亦所不辞也。”帝乃令瑗与来济入宫谢罪，遂得无事。
却说中书侍郎李义府请曰：“既以册立昭仪为后，可以今王后、萧妃安置何地？”帝闻奏默然，沉吟半晌。武氏乃令囚后妃于别院，即日便行封号锁闭，左右严守，非有宣唤，不得入宫。懿旨了当，拜舞谢恩，满朝众臣，无不伤感。后人观此，有诗叹云：王后萧妃何失宠，皆因唐主不能平。
若非武氏居皇位，怎使后人受戮刑。
二后妃含泪向别院而去。
是日，百官朝武氏于萧仪门，世绩请武氏谢皇天后土，武氏方欲拜下，忽然起一阵怪风，飞砂走石，对面皆不相见，将灯烛尽皆吹灭，把武氏惊倒于地。众侍救，半晌方醒。数日后，病稍安，尽将手下妃嫔一一厚赏，左右之人无不感德。
却说王后、萧妃囚于别院，日夜忧闷，衣服饮食，尽皆缺少。帝朝夕亦自思念不已，恐武后见怒，不复敢言。至是一日，帝私到别院，令从人先已报知，帝又亲自呼之。后妃在内闻言，遽然而出，与帝内外隔语。王后泣对曰：“陛下别来无恙？忆昔与陛下同衾共枕，不觉今已久矣。妾自奉事，小心谨慎，示尝敢怠，陛下何忍一旦弃妾，受此孤冷？若念昔日夫妇之情，使得见天日，妾之父母虽居九泉之下，亦感德矣。”帝曰：“汝勿忧虑，朕即有处置，不日来取汝入宫去矣。”言罢，二人相别。原来早有人报知宫中，武后大怒曰：“二人怨望，今杀之有名矣。”时李义甫为武后腹心，后遂唤之带武士十人，来杀后妃。当日王后与萧妃正在别院嗟叹，宫女来报李义甫至，后妃大骇。义甫执鸩酒与后妃曰：“炎阳天气，武后特上寿酒。”二人泣曰：“汝亦吾臣，何相逼如是邪？”义甫曰：“寿酒勿疑。”王后曰：“我有何罪，令饮此酒？”义甫怒曰：“懿旨差来，安敢有迟？”呼左右持短刀白练于前日：“三般宝物，随汝自请。”后曰：“愿汝见怜二人性命。”义甫叱曰：“此事难免，宜自早决。”后乃向前，头触义甫大骂：“帝无道昏君，弃妻宠妾，册立贱人，到有今日之祸。皇天有灵，亦不佑汝，不久此位皆随灭矣。”与萧淑妃相抱而哭。义甫喝曰：“武后立等回报，汝等俄延，望谁救邪？”萧妃亦骂：“汝等助此贱人为事，必当灭族。”义甫大怒，唤武士绞死王后，以鸩酒灌杀萧妃。史官有诗云：王后离宫再不收，萧妃素练系咽喉。
高宗妃后皆身丧，千载令人怨未休。
义甫还报武后，后命断去手足，投酒瓮中。后曰：“吾今令此二妪得以酩酊大醉，再不复醒矣。”随使人枭下首级，拖出城外埋之。自此威权出人主之右，帝每视事，则后垂帘于后，政无大小，皆得预闻，天下大权，悉归中宫，黜陟生杀，决于其口，天子拱手而已，中外谓之“二圣”。帝时感风眩，目不能视，百司奏事，后独临朝决之。改元龙朔二年春正月，帝与武后同御含元殿，正在议论政事，忽报边关表奏，铁勒九姓诸部入寇，其锋甚锐，宜早定计御之。帝闻奏大惊，毕竟如何迎敌？