神宗范天合道哲肃敦简光文章武安仁止孝显皇帝，讳翊钧，穆宗第三子也。母贵妃李氏。隆庆二年，立为皇太子，时方六岁。性岐嶷，穆宗尝驰马宫中，谏曰：“陛下天下主，独骑而骋，宁无衔橛忧。”穆宗喜，下马劳之。陈皇后病居别宫，每晨随贵妃候起居。后闻履声辄喜，为强起。取经书问之，无不响答，贵妃亦喜。由是两宫益和。
六年五月，穆宗崩。六月乙卯朔，日有食之。甲子，即皇帝位。以明年为万历元年，诏赦天下。祀建文朝尽节诸臣于乡，有苗裔者恤录。庚午，罢高拱。丁丑，高仪卒。壬午，礼部尚书吕调阳兼文渊阁大学士，预机务。秋七月丁亥，初通漕运于密云。庚寅，察京官。己亥，戒谕廷臣，诏曰：“近岁以来，士习浇漓，官方刓缺，诋老成为无用，矜便佞为有才。遂使朝廷威福之柄，徒为人臣报复之资。用是薄示惩戒，余皆曲贷。诸臣宜祓除前愆，共维新政。若溺于故习，背公徇私，获罪祖宗，朕不敢赦。”庚子，尊皇后曰仁圣皇太后，贵妃曰慈圣皇太后。八月戊午，祀大社大稷。九月甲午，葬庄皇帝于昭陵。冬十月己未，侍郎王遴、吴百朋、汪道昆分阅边防。辛酉，停刑。十一月乙未，河工成。十二月辛酉，振榆林、延绥饥。甲戌，以大行未期，罢明年元夕灯火及宫中宴。
万历元年春二月癸丑，御经筵。三月丙申，诏内外官举将材。夏四月乙丑，潮、惠贼平。庚午，旱，谕百官修省。五月甲申，诏内外官慎刑狱。六月壬申，振淮安水灾。秋七月，河决徐州。九月癸未，振荆州、承天及济南灾。丙戌，四川都掌蛮平。癸卯，停刑。冬十一月庚辰，命诸司立程限文簿，以防稽缓。十二月己未，振辽东饥。是年，暹罗、琉球入贡。
二年春正月甲午，召见朝觐廉能官于皇极门。二月甲寅，振四川被寇诸县。三月癸巳，赐孙继皋等进士及第、出身有差。夏四月丙寅，诏内外官行久任之法。五月辛丑，穆宗神主祔太庙。八月己巳，振山西灾。庚午，振淮、扬、徐水灾。冬十月甲寅，决囚。丁卯，视朝阅铨选。闰十二月庚寅，诏罢明年元夕灯火。是年，琉球入贡。
三年春正月丁未，享太庙。二月戊寅，祀大社大稷。辛巳，诏南京职务清简，官不必备。丙申，始命日讲官分直记注起居，纂缉章奏，临朝侍班。夏四月己巳朔，日有食之，既。壬申，书谨天戒、任贤能、亲贤臣、远嬖佞、明赏罚、谨出入、慎起居、节饮食、收放心、存敬畏、纳忠言、节财用十二事于座右，以自警。五月庚子，淮、扬大水，诏察二府有司，贪酷老疾者罢之。六月戊辰，浙江海溢。戊寅，命抚、按官，有司贤否一体荐劾，不得偏重甲科。是夏，苏、松、常、镇大水。秋八月丙子，礼部侍郎张四维为礼部尚书兼东阁大学士，预机务。丁丑，河决高邮、砀山。戊子，免淮、扬、凤、徐被水田租。九月戊午，京师地震。冬十月丁卯，地再震，敕群臣修省。戊辰，停刑。十一月乙巳，祀天于南郊。十二月辛未，诏罢明年元夕灯火。是年，安南、琉球、暹罗、土鲁番入贡。
四年春正月丁巳，辽东巡按御史刘台以论张居正逮下狱，削籍。夏五月戊申，祀地于北郊。六月庚辰，复遣内臣督苏、杭织造。秋七月丁酉，谕吏、户二部清吏治，蠲逋赋有差，明年漕粮折收十之三。壬寅，遣御史督修江、浙水利。甲辰，修泗州祖陵。辛亥，草湾河工成。八月壬戌，释奠于先师孔子。是秋，河决崔镇。冬十月乙亥，振徐州及丰、沛、睢宁、金乡、鱼台、单、曹七县水灾，蠲租有差。是年，安南、琉球、乌斯藏、土鲁番、天方、撒马儿罕、鲁迷、哈密入贡。
五年春正月己酉，诏凤阳、淮安力举营田。二月乙丑，振广西饥。三月乙巳，赐沈懋学等进士及第、出身有差。夏五月癸巳，广东罗旁瑶平。秋八月癸亥，河复决崔镇。闰月乙酉朔，日食，阴云不见。九月己卯，起复张居正。冬十月乙巳，以论张居正夺情，杖编修吴中行、检讨赵用贤、员外郎艾穆、主事沈思孝，罢黜谪戍有差。丁未，杖进士邹元标，戍边。十一月癸丑，以星变考察百官。是年，琉球入贡。
六年春正月，筑决河堤。二月戊戌，免兖、青、登、莱所属逋赋。庚子，立皇后王氏。三月甲寅，礼部尚书马自强兼文渊阁大学士，吏部侍郎申时行兼东阁大学士，预机务。甲子，张居正葬父归。夏四月乙未，免湖广、四川逋赋。丙午，诏户部岁增金花银二十万两。六月乙未，张居正还京师。秋七月乙卯，吕调阳致仕。丙子，诏江北诸府民，年十五以上无田者，官给牛一头、田五十亩开垦，三年后起科。九月庚午，诏苏州诸府开垦荒田，六年后起科。辛未，停刑。冬十月辛卯，马自强卒。十一月辛酉，礼天于南郊。是年，乌斯藏入贡。
七年春正月戊辰，诏毁天下书院。二月己丑，遣使分阅边防。三月甲子，免淮、扬逋赋。夏五月癸亥，祀地于北郊。六月辛卯，核两畿、山东、陕西勋戚田赋。秋七月壬子，振苏、松水灾，蠲税粮。戊午，京师地震。是年，乌斯藏入贡。
八年春二月辛未朔，日有食之。戊子，耕耤田。戊戌，河工成。三月辛亥，奉两宫皇太后如天寿山谒陵，免所过田租。甲寅，还宫。丁卯，赐张懋修等进士及第、出身有差。夏闰四月庚申，广西八寨贼平。冬十月辛丑，汰内外冗官。乙巳，振苏、松、常、镇饥。十一月丙子，诏度民田。是年，琉球入贡。
九年春正月庚午，敕边臣备警。辛未，裁诸司冗官。癸酉，土蛮犯锦州，游击周之望败没。己卯，命翰林官日四人入直。辛巳，裁南京冗官。甲申，辽东总兵官李成梁袭败土蛮于袄郎兔。三月丙寅，大阅。是月，土蛮犯辽阳，副总兵曹簠御之，败绩。夏四月丁酉，振山西被灾州县。乙卯，振苏、松、淮、凤、徐、宿灾。户部进《万历会计录》。秋八月丁未，扬州大水。九月丁亥，停刑。冬十月己亥，土蛮犯广宁、义州，李成梁御却之。十一月丙戌，振真定、顺德、广平灾，免税粮。是年，裁各省冗官，核徭赋，汰诸司冒滥冗费。琉球、安南、土鲁番、天方、撒马儿罕、鲁迷、哈密、乌斯藏入贡。
十年春二月癸巳，顺义王俺答卒。丁酉，免天下积年逋赋。三月庚申，杭州兵变，执巡抚吴善言。丁卯，兵部侍郎张佳胤巡抚浙江，讨定之。丙子，泰宁卫部长速把亥犯义州，李成梁击斩之。己卯，倭寇温州。夏四月戊子朔，谕礼部，令民及时农桑，勿事游惰。甲午，宁夏土军马景杀参将许汝继，巡抚都御史晋应槐讨诛之。庚子，以久旱敕修省。五月庚申，免先师孔子及宋儒朱熹、李侗、罗从彦、蔡沈、胡安国、游酢、真德秀、刘子翚，故大学士杨荣后裔赋役有差。庚辰，振畿内饥。六月丁亥朔，日有食之。壬寅，振太原、平阳、潞安饥。乙巳，前礼部尚书潘晟兼武英殿大学士，吏部侍郎余有丁为礼部尚书兼文渊阁大学士，预机务。晟寻罢。丙午，张居正卒。秋七月庚午，振平、庆、延、临、巩饥。九月丙辰，以皇长子生，诏赦天下。甲子，上两宫皇太后徽号。冬十月丙申，苏、松大水，蠲振有差。十二月壬辰，太监冯保谪奉御，籍其家。壬寅，复建言诸臣职。是年，免畿内、山西被灾税粮。哈密、乌斯藏入贡。
十一年春正月壬戌，敕严边备。闰二月甲子，俺答子乞庆哈袭封顺义王。缅甸寇永昌。乙丑，如天寿山谒九陵，免所过田租。庚午，如西山谒恭让章皇后、景皇帝陵。辛未，还宫。乙酉，振临、巩、平、延、庆五府旱灾，免田租。三月甲申，追夺张居正官阶。庚子，赐朱国祚等进士及第、出身有差。夏四月丁巳，张四维以忧去。己未，吏部侍郎许国为礼部尚书兼东阁大学士，预机务。甲戌，承天大雨，江溢。是月，广东罗定兵变。五月，我大清太祖高皇帝起兵征尼堪外兰，克图伦城。六月乙丑，振承天、汉阳、郧阳、襄阳灾。秋八月丙辰，免山西被灾税粮。九月甲申，如天寿山谒陵。己丑，还宫。冬十月癸亥，停刑。辛未，河南水灾，蠲振有差。十一月己卯朔，日有食之。十二月庚午，慈宁宫灾，敕修省。是年，琉球入贡。
十二年春二月丁卯，京师地震。己巳，释建文诸臣外亲谪戍者后裔。三月己亥，减江西烧造瓷器。夏四月乙卯，籍张居正家。丁巳，游击将军刘綎讨平陇川贼。五月甲午，京师地震。六月辛亥，以云南用兵，免税粮及逋赋。秋八月丙辰，榜张居正罪于天下，家属戍边。九月丙戌，奉两宫皇太后如天寿山谒陵。己丑，作寿宫。辛卯，还宫。冬十月丁巳，停刑。丙寅，免湖广、山东被灾税粮。十一月己丑，余有丁卒。十二月甲辰，前礼部侍郎王锡爵为礼部尚书兼文渊阁大学士，吏部侍郎王家屏兼东阁大学士，预机务。癸亥，罢开银矿。是年，安南、乌斯藏入贡。
十三年春正月辛卯，四川建武所兵变，击伤总兵沈思学。二月丁未，南京地震。京师自去年八月不雨，至于是月。庚午，大雩。三月甲申，大雩。己丑，李成梁出塞袭把兔儿炒花，大破之。壬辰，减杭州织造及尚衣监料银。尚宝司少卿徐贞明督治京畿水田。夏四月丙午，大雩。戊申，以旱诏中外理冤抑，释凤阳轻犯及禁锢年久罪宗。戊午，步祷于南郊，面谕大学士等曰：“天旱虽由朕不德，亦天下有司贪婪，剥害小民，以致上干天和，今后宜慎选有司。”蠲天下被灾田租一年。五月丙戌，雨。六月辛丑，慈宁宫成。壬寅，建武所乱卒伏诛。是月，四川松、茂番作乱。秋八月己酉，京师地震。闰九月戊戌，振淮、凤灾。癸卯，如天寿山阅寿宫。戊申，还宫。庚申，停刑。冬十二月丁卯，汰惜薪司内官冗员。是月，顺义王乞庆哈卒。是年，土鲁番、乌斯藏入贡。
十四年春二月癸未，严外官馈遗。三月戊戌，以旱霾，谕廷臣陈时政。癸卯，禁部曹言事，罢治京畿水田。癸丑，赐唐文献等进士及第、出身有差。戊午，久旱，敕修省。夏四月癸酉，京师地震。六月癸未，松茂番平。是夏，振直隶、河南、陕西及广西浔、柳、平乐，广东琼山等十二县饥。山西盗起。秋七月癸卯，振江西灾。戊申，敕户、兵二部抚安灾民，严保甲。是月，淇县贼王安聚众流劫，寻剿平之。九月壬辰，王家屏以忧去。乙卯，停刑。己未，发帑遣使振河南、山东、直隶、陕西、辽东、淮、凤灾。冬十月丙寅，礼部主事卢洪春以疏请谨疾，杖阙下，削籍。十一月癸卯，祀天于南郊。是年，土鲁番入贡。
十五年春正月壬辰，发帑振山西、陕西、河南、山东诸宗室。三月乙卯，乞庆哈子撦力克袭封顺义王。夏四月，京师旱，大疫。六月戊辰，禁廷臣奢僣。是月，京师大雨。振恤贫民。秋七月，江北蝗，江南大水，山西、陕西、河南、山东旱，河决开封，蠲振有差。八月庚申，以灾沴频仍，敕抚、按官惩贪吏，理冤狱，蠲租、振恤。九月丁亥朔，日当食，阴云不见。己丑，停刑。冬十月庚申，大学士申时行请发留中章奏。十一月戊子，郧阳兵噪，巡抚都御史李材罢。是年，哈密、琉球、乌斯藏入贡。
十六年春三月壬辰，诏改《景皇帝实录》，去郕戾王号，不果行。山西、陕西、河南及南畿、浙江并大饥疫。夏四月，振江北、大名、开封诸府饥。五月，四川建昌番作乱，讨平之。乙巳，以军储仓火及各省灾伤，敕内外官修省。六月庚申，京师地震。甲子，以灾伤停减苏、杭织造。秋七月乙卯，免山东被灾夏税。庚午，定边臣考绩法。八月乙未，诏取太仓银二十万充阅陵赏费。九月己未，停刑。庚申，如天寿山阅寿宫。甲子，次石景山观浑河。乙丑，还宫。庚午，甘肃兵变，巡抚都御史曹子登罢。是月，青海部长他不囊犯西宁，杀副将李魁。冬十一月辛酉，禁章奏浮冗。是年，乌斯藏入贡。
十七年春正月己酉朔，日有食之。丁巳，太湖、宿、松贼刘汝国等作乱，安庆指挥陈越讨之，败死。二月丙申，吴淞指挥陈懋功讨平之。三月丙辰，免升授官面谢。自是临御遂简。癸亥，云南永昌兵变。乙丑，赐焦竑等进士及第、出身有差。夏四月己亥，王家屏复入阁。始兴妖僧李圆朗作乱，犯南雄，有司讨诛之。六月甲申，浙江大风，海溢。己丑，永昌乱卒平。乙巳，南畿、浙江大旱，太湖水涸，发帑金四十万振之。秋八月壬寅，严匿名揭之禁。冬十月癸未，停刑。癸卯，黄河决口工成。十二月己丑，谕诸臣遇事勿得忿争求胜。是年，安南、乌斯藏入贡。
十八年春正月甲辰朔，召见大学士申时行等于毓德宫，出皇长子见之。夏四月甲申，振湖广饥。六月己卯，免畿内被灾夏税。甲申，青海部长火落赤犯旧洮州，副总兵李联芳败没。乙酉，更定宗藩事例，始听无爵者得自便。秋七月庚子朔，日有食之。乙丑，召见阁臣议边事，命廷臣举将材。己巳，兵部尚书郑雒经略陕西四镇及山西、宣、大边务。是月，火落赤再犯河州、临洮，总兵官刘承嗣败绩。八月癸酉，停撦力克市赏。冬十月戊寅，振临洮被兵军民。十二月甲申，遣廷臣九人阅边。是年，安南入贡。
十九年春正月，顷甸寇永昌、腾越。二月乙酉，总兵官尤继先败火落赤余众于莽剌川。闰三月丁丑，以彗星见，敕修省。己卯，责给事中、御史风闻讪上，各夺俸一年。夏四月丙申，享太庙。是后庙祀皆遣代。五月壬午，四川四哨番作乱，巡抚都御史李尚思讨平之。六月壬子，王锡爵归省。秋七月癸未，谕廷臣，国是纷纭，致大臣争欲乞身，此后有肆行诬蔑者重治。八月丁酉，免河南被灾田赋。九月壬申，许国致仕。甲戌，申时行致仕。丁丑，吏部侍郎赵志皋为礼部尚书，前礼部侍郎张位为吏部侍郎，并兼东阁大学士，预机务。冬十月癸巳，京营军官哗于长安门。十二月甲午，诏定戚臣庄田。癸丑，河套部敌犯榆林、延绥，总兵官杜桐败之。是年，畿内蝗，南畿、浙江大水，蠲振有差。琉球入贡。
二十年春正月丙戌，给事中孟养浩以言建储杖阙下，削籍。三月戊辰，宁夏致仕副总兵哱拜杀巡抚都御史党馨、副使石继芳，据城反。辛未，王家屏致仕。壬申，总督军务兵部尚书魏学曾讨宁夏贼。戊寅，赐翁正春等进士及第、出身有差。夏四月甲辰，总兵官李如松提督陕西讨贼军务。甲寅，甘肃巡抚都御史叶梦熊帅师会魏学曾讨贼。撦力克擒贼，叩关献俘，复还二年市赏。五月，倭犯朝鲜，陷王京，朝鲜王李〈口公〉奔义州求救。六月丁未，诸军进次宁夏，贼诱河套部入犯，官军击却之。秋七月癸酉，免陕西逋赋。甲戌，副总兵祖承训帅师援朝鲜，与倭战于平壤，败绩。甲申，罢三边总督魏学曾，以叶梦熊代之，寻逮学曾下狱。八月乙巳，兵部右侍郎宋应昌经略备倭军务。己酉，诏天下督抚举将材。九月壬申，宁夏贼平。冬十月壬寅，李如松提督蓟、辽、保定、山东军务，充防海御倭总兵官，救朝鲜。是月，振畿内、浙江、河南被灾诸府蠲租有差。十一月戊辰，御午门，受宁夏俘。十二月甲午，以宁夏贼平，告天下。是年，暹罗、土鲁番入贡。
二十一年春正月甲戌，李如松攻倭于平壤，克之。辛未，王锡爵还朝。辛巳，诏并封三皇子为王，廷臣力争，寻报罢。壬午，李如松进攻王京，遇倭于碧蹄馆，败绩。二月甲寅，敕劳东征将士。夏四月癸卯，倭弃王京遁。六月丁酉，诏天下每岁夏月录囚，减释轻系，如两京例。癸卯，倭使小西飞请款。秋七月癸丑，召援朝鲜诸边镇兵还。乙卯，慧星见，敕修省。八月丙戌，以灾异敕戒内外诸臣修举实政。冬十月丙申，停刑。十二月丙辰，蓟辽总督顾养谦兼理朝鲜事，召宋应昌、李如松还。是年，振江北、湖广、河南、浙江、山东饥。河南矿贼大起。乌斯藏入贡。
二十二年春正月己亥，诏以各省灾伤，山东、河南、徐、淮尤甚，盗贼四起，有司玩愒，朝廷诏令不行。自今以安民弭盗为抚按有司黜陟。二月癸丑，皇长子常洛出阁讲学。甲子，遣使振河南，免田租。三月癸卯，诏修国史。夏四月己酉朔，日有食之。五月辛卯，礼部尚书陈于陛、南京礼部尚书沈一贯并兼东阁大学士，预机务。庚子，王锡爵致仕。六月己酉，雷雨，西华门灾。敕修省。秋七月丙申，河套部长失兔犯延绥。是月，延绥总兵官麻贵败河套部敌于下马关。冬十月己未，南京兵部右侍郎邢玠总督川、贵军务，讨播州宣慰使杨应龙。丁卯，诏倭使入朝。是月，炒花犯辽东，总兵官董一元败之。是年，琉球、乌斯藏入贡。
二十三年春正月癸卯，遣都督佥事李宗城、指挥杨方亨封平秀吉为日本国王。三月乙未，赐朱之蕃等进士及第、出身有差。夏五月丁酉，京师地震，敕修省。秋九月戊寅，青海部长永邵卜犯甘肃，参将达云败之。乙酉，诏复建文年号。冬十一月辛未，湖广灾，蠲振有差。十二月辛丑，大学士赵志皋等请发留中章奏，不报。是年，江北大水，淮溢，浸泗州祖陵。
二十四年春二月戊申，麻贵袭河套部，败之。三月乙亥，乾清、坤宁两宫灾，敕修省。壬辰，下诏自责。是月，火落赤犯洮河，总兵官刘綎破走之。夏四月己亥，李宗城自倭营奔还王京。五月戊辰，河套部敌犯甘肃，总兵官杨浚击破之。庚午，复议封倭，命都督佥事杨方亨、游击沈惟敬往。六月，振福建饥。秋七月丁卯，吏部尚书孙丕扬请发推补官员章疏，不报。戊寅，仁圣皇太后崩。乙酉，始遣中官开矿于畿内。未几，河南、山东、山西、浙江、陕西悉令开采，以中官领之。群臣屡谏不听。闰八月乙丑朔，日有食之。丁卯，大学士赵志皋请视朝，发章奏，罢采矿，不报。九月乙未，杨方亨至日本，平秀吉不受封，复侵朝鲜。乙卯，葬孝安庄皇后。是月，河套部犯宁夏。总兵官李如柏击败之。是秋，河决黄堌口。冬十月丙子，停刑。乙酉，始命中官榷税通州。是后，各省皆设税使。群臣屡谏不听。十二月乙亥，陈于陛卒。